Et eksempel på en utfordring er gassovermetning, som kan oppstå nedstrøms vannkraftverk (se forskningstemaside om Gassovermetning). Ved gassovermetning risikerer fisk og bunndyr å bli rammet av gassblæresyke, tilsvarende dykkersyke hos mennesker. Mange bunnlevende dyr dør ikke umiddelbart, men de flyter opp til overflaten og føres bort fra økosystemet av vannstrømmen. Det er viktig å ta dette på alvor, for når fisk og bunndyr forsvinner, får det store negative konsekvenser for hele økosystemet.
Det brukes mye ressurser på å hindre tap av biologisk mangfold i ferskvann. Det er likevel ikke lenger nok å bevare naturen, vi må også aktivt restaurere ødelagte økosystemer.